3대 왕 대무신왕(재위: 4년~44년)은 21년 부여 정벌을 감행하여 22년 2월 장수인 괴유가 부여 대소왕을 죽였습니다. 왕을 잃은 부여는 분열되어 대소의 동생은 압록곡 부근에 갈사부여를 세웠으며 7월에는 대소왕의 사촌동생이 부여 백성 1만 여 명을 데리고 고구려에 귀순해 사실상 부여를 흡수했습니다.

시조 고주몽은 기원전 58년 출생이며 북부여 해모수의 아들이며, 강을 다스리는 신 하백의 외손자입니다. 이름 주몽(朱蒙)은 부여어로 활을 잘 쏘는 사람, 즉 신궁(神弓)이라는 뜻입니다. 어릴 때부터 활쏘기 재능이 탁월했던 그는 금와왕의 일곱 아들들의 시기를 받아 죽음의 위협을 받았습니다. 이에 협보, 오이, 마리와 함께 부여를 탈출해 엄리대수에 이르렀고, 자라와 물고기가 다리를 놓아줘 무사히 강을 건너 추격자들을 따돌렸습니다(어별성교). 졸본에 정착해 세력가 연타발의 둘째 딸 소서노와 결혼했으며, 비류국의 군장 송양을 활싸움으로 제압하고 투항을 받아냈습니다. 기원전 37년, 오녀산성(환런현)을 도읍으로 삼아 나라를 세우고 국호를 고구려, 왕실 성을 고씨로 변경해 고주몽이 되었으며, 대관식에서 고구려 1대 왕 추모성왕(동명성왕)이 되었습니다. 즉위 후 송양의 비류국을 다물도라 바꾸고 관리를 임명했으며, 근방의 말갈족을 복속시켰습니다. 기원전 34년에는 졸본성과 궁궐을 완성했고, 기원전 32년 오이와 부분노를 보내 행인국을, 기원전 28년에는 부위염을 보내 북옥저를 정복했습니다. 기원전 24년 가을 8월, 부여에 남았던 어머니 하유화가 죽었습니다. 추모성왕의 전 소생 왕후 예씨의 아들 해유리는 기원전 37년 부여에서 태어나, 기원전 19년 추모성왕이 남긴 부러진 칼 조각을 찾아내 고구려로 찾아와 고유리가 되었고, 그해 4월 태자로 책봉되었습니다. 1년 후인 기원전 18년 소서노는 온조, 비류 등 자식 2명과 함께 남하하여 온조는 위례성에 백제를 건국했습니다. 고유리는 기원전 19년 동명성왕이 서거하자 고구려 2대 왕 유리명왕이 되었습니다. 기원전 18년 7월 다물후 송양의 딸을 왕비로 맞이했습니다. 기원전 9년, 고구려를 위협하던 선비족을 부분노의 계책으로 토벌했습니다.

32년 낙랑국을 정벌하여 지배했습니다. 37년에도 낙랑을 정벌하여 병합한 기사가 있는데, 이를 32년 낙랑 정벌의 연장선으로 보기도 하며, 독립적인 기록으로 판단하여 고구려가 한사군 가운데 하나인 낙랑군을 정벌한 것으로 보기도 합니다. 하지만 사실상 낙랑군은 한반도인을 수장으로 삼고 고구려, 백제에 굴복한 뜻으로 공물을 바치는 등 고구려의 입장에서 긴 시간동안 한사군을 정복할 필요가 없었습니다. 하지만 이후 고구려군은 한사군을 정복하여 지배해 한사군민들은 전멸하였습니다.

제9대왕 고국천왕은 191년 평민 출신의 을파소(乙巴素)를 제2대 국상에 임명하였습니다. 194년에는 사회보장제도인 진대법(賑貸法)을 제정하여 빈민을 구제하였습니다. 후에 고려의 의창과 조선의 환곡에 영향을 주었습니다.

242년 동천왕은 장군 득래를 보내 조위의 요동지역 서안평을 침략하였습니다. 244년 유주자사 관구검(毌丘儉)이 고구려를 침공하였습니다. 동천왕은 관구검의 군대를 비류수(沸流水)에서 한 번, 양맥곡(梁貊谷)에서 한 번씩 격파했으나, 그 다음 벌어진 전투에서 아군이 패해 1만 8천 명이 죽었습니다. 동년 10월 관구검은 환도성(丸都城)을 공격하여 함락시키고 사람을 죽였으며, 현도태수 왕기(王頎)를 보내 도망친 왕을 추격했습니다. 동천왕은 유유(고구려)의 계책으로 위나라 장수 하나를 죽여 적을 혼란시킴으로써, 왕기의 군대를 물리치는 데 성공했습니다. 수도로 귀환한 동천왕은 환도성이 전화(戰火)를 입어 도읍으로 적당하지 않다고 여겨, 247년에 임시로 평양성(平壤城)을 쌓고, 수도를 임시로 옮겼습니다. 이때의 평양성은 지금의 평양직할시 일대가 아니라 독로강(將子江) 유역의 강계 지역으로 보거나 지안(집안)의 평지 지대로 보는 견해도 있으나 분명치 않습니다. 248년에 동천왕이 죽었으니 나라 사람들이 슬퍼하여 스스로 목숨을 끊는 자가 많았다고 합니다.

298년 9월, 흉년이 들었으나 봉상왕은 궁궐을 증축하는 공사를 강행하여 백성들의 원성이 높았습니다. 봉상왕은 신하들의 간언을 듣지 않고, 백성들을 살피지 않았습니다. 300년에도 흉년이 들었으나 다시 궁궐을 증축하니 백성들이 흩어졌습니다. 이에 국상 창조리가 왕에게 백성을 돌볼 것을 간언하였으나 봉상왕은 오히려 왕권의 지엄함을 역설하며 창조리를 위협했습니다. 이에 창조리는 여러 신하들과 모의하여 봉상왕을 폐위하고 압록강에서 소금장수였다던 설이 있는 고을불을 맞이하여 왕으로 삼았습니다. 제15대 왕 미천왕이었습니다. 봉상의 들에 장사지내고 왕호를 봉상이라 했습니다.

미천왕이 등극하자마자 고구려에 의해 한사군은 존망을 거는 전쟁이 시작되었습니다. 미천왕은 즉위 초부터 한사군을 치열하게 공격하였습니다. 한사군은 후한 멸망 이후 사실상 북쪽으로는 고구려 남쪽으로는 백제에 굴복하여 오랜 기간 한반도인들을 한사군의 지배자로 두거나 굴복의 뜻으로 공물을 보내는 등 생존하기 위해 여러 방면을 책을 썼지만 미천왕의 공격을 피할 수는 없었습니다. 302년에는 고구려군이 현도군을 공격하여 적 8천여 명을 사로잡았으며 311년에는 서안평(西安平)을 정복하여 낙랑군(樂浪郡)을 고립시키는데 성공하였습니다. 이에 따라 미천왕은 313년에는 낙랑군을, 314년에는 대방군을 정복하여 한사군을 멸망시켰습니다. 미천왕은 315년에도 다시 현도성을 공격하여 한반도에서 한사군을 모두 정복하였고 끝내 요동까지 정벌하여 한사군 사람들은 절멸돼 역사에 나타나지 않게 됩니다.

뒤를 이어 왕이 된 제16대 왕 고국원왕 때 339년에 전연이 쳐들어와 신성에 이르렀습니다. 고국원왕이 동맹을 청하자 전연은 물러갔습니다. 이때 맺은 동맹 관계에 따라, 340년에 전연에 조회하기도 했습니다. 342년 겨울에 모용황은 용성(龍城)으로 천도한 후, 대군을 이끌고 고구려로 쳐들어왔습니다. 모용황은 왕우가 이끄는 1만 5천의 소수 군대를 평탄한 북쪽 길로 보내고, 자신은 한수와 함께 5만 대군을 이끌고 험난한 남쪽 길을 택해 공격하는, 기만전술을 썼습니다. 하지만 이를 알아채지 못한 고국원왕은 북쪽으로 왕제 무(武)가 이끄는 정병 5만을 파견하고, 자신은 소수의 군대로 남쪽을 지켰습니다. 결국, 남쪽 전투에서 크게 패한 고구려군 중에서 장군 아불화도가(阿佛和度加)가 전사하고, 환도성(위나암성)이 함락되었으며, 고국원왕은 단신으로 단웅곡(斷熊谷)으로 피신하였습니다. 고국원왕을 추격한 전연군은 북쪽 길에서 고국원왕의 동생 무(武)의 군대를 만나 크게 패하여 퇴각했습니다. 전연군은 퇴각하는 길에 고구려 백성 5만 명을 잡아갔습니다. 343년에 고국원왕은 동생 무를 보내 전연에 신하의 예를 갖추고, 부왕인 미천왕의 시신을 돌려받았으며, 그 해 평양의 동황성(東黃城)으로 거처를 옮겼습니다.

369년에 백제가 마한을 정복하러 간 틈을 타, 고국원왕은 보·기병 2만 명을 이끌고 치양성(현 황해남도 배천군)으로 진격하였습니다. 그러나 근초고왕의 말 말굽을 상하게 한 죄를 짓고 고구려로 달아났던 백제인 사기(斯紀)가 다시 백제에 투항하여, ‘고구려의 군사가 많기는 하나 모두 숫자만 채운 허세일 뿐 날래고 용감한 자들은 붉은 깃발의 군대뿐’이라는 고구려의 군사정보를 백제의 근구수 태자에게 알려주었습니다. 이에 고구려군의 주력부대는 백제군의 집중공격을 받고 무너져 내려 5000여명의 피해를 입고 고국원왕은 목적을 달성하지도 못하고 오히려 백제에게 수곡성(지금의 황해도 신계군)까지 영토를 내주고 말았습니다. 371년에 고국원왕은 복수를 위해 군사를 일으켜 백제에 재침공하였습니다. 하지만 패하(대동강) 강가에 군사를 매복한 근초고왕이 기습적으로 공격하자, 고구려군은 크게 패하고 말았습니다. 기세를 탄 근초고왕은 동년 10월에 정예 군사 3만을 이끌고 평양으로 진격해 왔고, 고구려군은 이를 어렵게 물리쳤으나 고국원왕이 전사하고 말았습니다. 고국원왕은 고국(故國)의 들原에 모셔졌습니다. 이때부터 백제와의 악연이 시작되어 백잔이라 부르게 되었습니다.

고국원왕의 맏아들 제17대 왕 소수림왕은 전진과 교류하여 한국 최초로 불교와 도교 등을 도입하고 한국 최초의 교육기관인 태학(太學)을 받아들여 유교의 이념을 받아들이고 인재를 육성해 관리를 뽑았습니다. 또한 중앙집권국가의 토대인 율령을 반포하여 고구려를 중앙집권국가로 완성하였습니다. 소수림왕이 닦아놓은 이러한 제도들을 바탕으로 후임인 광개토대왕과 장수왕이 강력한 국력으로 정복전쟁을 펼칠 수 있게 되었습니다. 고구려의 광개토대왕이 전연을 공격하였고 전연의 존망이 걸린 전쟁이 시작되었으나 결국 고구려는 요동지역을 정복하게 됩니다.

소수림왕의 손자이자 고국양왕의 아들로 태어난 광개토왕은 중국과 일본 등지에서 호태왕(好太王)으로 알려져 있습니다. 광개토대왕은 17살에 나이에 391년 왕위에 올라 즉위하면서 한국 최초의 연호를 반포해 영락(永樂)이라 명명하고, 또한 군주를 왕에서 태왕(太王)으로 격상해 부르게 하였습니다. 그 후 바로 정복활동에 나섰습니다.

고담덕은 18살이던 392년 7월 군사 4만 명을 거느리고 백제의 북쪽 변경을 침략하여 석현성 등 10여 개 성을 함락시켰습니다. 백제의 왕 진사왕은 광개토대왕이 군사를 부리는 데 능하다는 말을 듣고 나가 막지 못하니 한수(漢水) 북쪽의 여러 부락들이 다수 함락되었습니다. 승기를 탄 고구려는 10월에 백제 북방의 천혜의 요새이자 중요지인 관미성을 20일에 걸친 포위 끝에 쳐서 함락시켰습니다. 395년에는 패수에서 백제군 8000여 명을 생포하거나 죽이는 대승을 거두었습니다. 396년 고구려는 대대적으로 백제를 공격하여 아리수 이북의 58개 성, 700여 개 촌락을 점령하고 위례성을 포위하였습니다. 이때 백제 아신왕에게서 '영원한 노객(奴客)이 되겠다.'는 항복을 받아 아신왕의 동생과 백제의 대신 10명을 인질로 잡고 백제를 사실상 속방으로 만들어 개선하였습니다.

광개토대왕은 399년에 평양으로 순행하였습니다. 백제와 왜, 가야는 신라를 공격하고, 신라는 평양으로 사신을 보내 구원을 청하였습니다. 광개토대왕은 400년에 신라에 5만 대군을 파견하여 백제ㆍ가야ㆍ왜의 연합군을 물리쳤습니다. 이때 연합군은 금관가야 종발성까지 퇴각하였고, 고구려군은 금관가야 지역까지 쫓아가 연합군을 격퇴시킵니다. 학계에서는 이때 금관가야의 세력이 급속도로 약해져, 금관가야가 주도하던 전기 가야 연맹이 붕괴하고 대가야가 주도하는 후기 가야 연맹이 시작되었다고 봅니다. 고담덕은 400년에 신라를 구원하면서 신라 왕을 내물 마립간에서 실성 마립간으로 교체합니다. 이후 고구려군은 백여 년 동안 신라 땅에 머물려 신라에 영향력을 행사하였고, 신라는 고구려에게 조공하는 보호국이 됩니다. 404년에는 대방(帶方) 지역으로 쳐들어 온 백제와 왜, 가야의 연합군을 궤멸시켰습니다.

400년 2월에 고구려 주력군이 신라에서 왜군을 격퇴하고 있을 때 후연 왕 모용성은 신성(新城)과 남소성(南蘇城)을 공격합니다. 하지만 모용성은 내부에서 살해당했고 이에 고담덕은 보복전을 펼쳐 402년에 후연의 숙군성(宿軍城)을 공격하여 함락시켰으며 404년에도 후연의 용성(現朝阳)을 정벌하여 모용성 모후 정씨(丁氏)와 난왕비를 사로잡고 철수하였습니다. 비슷한 시기에 연군(燕郡)까지 공격하여 함락시켰습니다. 연군은 지금의 베이징 근방에 위치한 지역으로 이 기록에 따라 베이징 일대까지 정복했다는 주장이 있습니다. 이를 회복하기 위해 쳐들어온 후연군을 405년 요동성, 406년 목저성(木抵城)에서 격파하여 요동 점령을 확고히 하였습니다. 또한 407년에는 5만 군대를 동원하여 후연 군대를 격파하여 막대한 전리품을 노획하고 돌아오는 길에 후연의 6개 성을 점령하였습니다. 후연(後燕)은 광개토대왕에게 한족(漢族) 공녀들을 상납하였습니다. 후연을 더욱 압박하기 위해서 남연(南燕)과 우호관계를 맺기도 하였습니다. 고구려의 압박을 받은 후연은 고구려계인 고운(북연)이 모용희를 죽이고 후연을 멸망시켰고 북연을 건국하자 408년에 우호관계를 맺음과 동시에 사실상 북연을 속방으로 삼아 서쪽 국경을 안정시켰습니다.

장수왕은 광개토대왕의 아들로, 연가(延嘉), 연수(延壽), 건흥(建興) 등의 연호가 새겨진 유물이 일부 발견되고 있어 독자적인 연호를 사용하였을 것으로 추정됩니다. 414년에 광개토왕릉비를 건립하여 광개토대왕의 업적을 기렸으며, 장수왕은 내부적으로 왕권의 위상을 높여서 국내성(지금의 지안)의 귀족세력을 약화시키기 위해 427년 종묘사직을 평양성(平壤)으로 천도하였습니다. 장수왕은 대성산성(大城山城)을 쌓고 안학궁(安鶴宮)을 건설해 왕실의 위엄을 높이고 왕권을 강화하였습니다.

435년, 북위는 북연을 위협하였고 북연의 왕 풍홍(馮弘)은 종주국 고구려에 밀사를 보내 장수왕에게 도움을 요청하였습니다. 이에 장수왕은 장군 갈로맹광(葛盧孟光)으로 하여금 고구려군 수만 명을 이끌고 쳐들어가서 북연의 수도 용성(龍城)에 있던 모용씨 황제 일가족과 풍홍 그리고 용성 주민들을 전부 고구려 국내성으로 끌고 갔습니다. 고구려로 끌려온 풍홍은 미천한 대접을 받자 행패를 부렸고 몰래 사신을 보내 송나라에 망명을 요청하였으나, 이 사실을 알게 된 장수왕은 풍홍을 살해하였습니다. 이때 송나라 사신 왕백구가 군사를 이끌고 고구려군을 공격하여 장수 고구가 죽었는데, 장수왕은 다시 왕백구를 토벌하여 인질로 붙잡았습니다. 송나라는 왕백구를 송으로 보내달라고 간청하였고 장수왕은 왕백구를 송으로 압송하였습니다. 고구려와 외교 관계를 망칠 수 없었던 송나라에서는 왕백구를 감옥에 가둬 고구려의 눈치를 보았습니다.

중국과의 외교 관계가 안정된 가운데 장수왕은 백제를 정벌하는 남진 정책을 추진하였습니다. 그러나 백제와 신라가 동맹을 맺어 대항하였기 때문에 454년부터 신라와 적대관계가 되었습니다. 468년에는 신라의 실직주성을 공격하여 점령하였으며, 이듬해에는 백제가 남쪽 변경을 침공하기도 하였습니다. 또한 유연(나라)과 지금의 내몽골 대흥안령 산맥 인근에 위치한 지두우를 분할 점령하려고 했다고 기록되어 있습니다. 472년, 백제 개로왕은 북위에 사신을 보내 고구려를 공격해 줄 것을 요청하였는데, 북위는 이 사실을 고구려에 알려주었습니다. 이에 고구려는 백제와 전면전을 준비하는 한편 승려 도림(道琳)을 첩자로 보내 백제의 내정을 정탐하였습니다. 도림은 바둑으로 개로왕의 환심을 사고 개로왕에게 무리한 토목공사를 일으키게 사주하여 백제의 국력을 소모시켰습니다. 이러한 물밑작업을 마친 장수왕은 475년에 백제를 공격하여 수도 위례성(위례성)을 함락시키고 개로왕을 사로잡아 살해하는 큰 승리를 거두고 백제를 다시 속방으로 만들었습니다. 481년에는 신라를 공격하여 호명성 등 7개 성을 함락시키고 미질부까지 진격하였습니다.

장수왕의 뒤를 이은 문자명왕 휘 고나운(高羅雲)은 494년 부여의 왕이 처자를 데리고 고구려에 항복하여 부여를 복속시키는 등 장수왕의 정책을 이었으며 문자명왕 치세에 고구려는 최전성기를 구가하였습니다. 문자명왕의 뒤를 이은 안장왕대까지 고구려는 태평성대를 이뤘으나 안원왕대에 결국 고구려의 외척인 추군 세력과 세군 세력이 자기네 소생의 왕자를 옹립하려고 대판 싸움을 벌이기에 이르렀는데 추군 측이 승리를 거두었으며 결과 세군 측에서 목숨을 잃은 사람이 족히 2,000명이 넘었다고 전합니다. 신라의 한강유역 점령의 원인이 되었습니다.

제25대왕 평원왕은 559년 즉위하여 도읍을 대성산성에서 평양성으로 이전하였습니다. 한편 북주의 우문옹이 침략해오자 평원왕의 부마인 온달이 막아냈습니다. 온달은 후에 한국 온(溫)씨의 조상이 되었습니다. 한편 북주(北周)에서는 568년 양견의 아버지에 양충이 죽자 양견이 대장군과 수국공을 물려받게 되었습니다. 양견은 우문옹과 뒤를 이은 우문윤의 총애를 받았으며 우문윤이 죽자 권력을 독점하였습니다. 이미 북주 우문옹이 중국 통일을 진행했었으나, 신중한 양견은 세밀하게 준비했고, 장성을 복구하여 북쪽 돌궐에 대한 방어를 강화했고, 한구(邗溝) 개착(開鑿)으로 회수와 장강을 연결해서 보급로를 확보합니다. 뒤이어, 곧 북조 괴뢰정권인 후량을 병합하여 전초기지로 삼았고. 588년 문제는 기어코 진나라에 원정군을 파견하였습니다. 이 시기 원정군 총사령관은 차남 진왕 양광(후에 수 양제)이었고, 과장이지만 51만 8천이라는 대군으로 다음해(589년) 진나라의 수도 건강을 손쉽게 함락했습니다. 진나라 황제 진숙보는 우물에 숨지만 잡혔습니다. 진나라 멸망 이후(184년 황건적의 난 때부터로~ 약 405년) 기나긴 분열 시대가 종결되었고, 수 문제는 마침내 중국을 통일하였습니다. 사회가 안정되자 인구는 2천600여 만 명(멸망 무렵)에 이르도록 증가했습니다. 그 해 말에 양견은 수국공에서 수왕(隋王)의 자리에 오른 뒤, 이윽고 다음해 우문천으로부터 선양을 받아 수나라를 건국해 수 문제가 되었습니다. 이러한 수 문제의 치세를 당시 연호에 의거해 개황(開皇)의 치(治) 라고 불렀습니다. 수는 변방을 안전시키기 위해 돌궐과 고구려를 견제하였습니다. 수나라는 고구려에 사신을 보내 고구려의 영토를 염탐하였고, 그 후에도 몇 차례에 걸쳐 사신을 보내 지형을 알아보게 하였습니다. 이에 평원왕 역시 수나라에 사신을 보내 동태를 살폈으며, 마침내 수 문제가 고구려를 공격하기 위해 비밀리에 군대를 양성하고 있다는 소식을 접하자, 평원왕은 이에 대비하여 방어 준비를 하였습니다. 수 문제는 이 사실을 듣고 글을 보내 이를 꾸짖었습니다. 수 문제는 그해 6월에 한왕 양량과 왕세적을 대원수로 임명하고, 주라후에게 수군을 맡겨 수륙군 30만 명을 동원하여 수륙 병진책으로 고구려를 정벌하고자 하였습니다. 주라후의 수군은 동래에서 출발하여 평양으로 향하였으나 도중에 폭풍을 만나 대부분의 병력을 잃고 철수했습니다.

양제는 604년 즉위하자마자 대대적인 토목 공사를 일으켰습니다. 만리장성을 새로이 쌓게 하였으며, 아버지가 중단시킨 대운하의 공사를 재개시켰습니다. 이 대운하는 북경에서 항주까지 짓는 대공사로, 이에 백성들의 불만이 커져 갔지만 그것도 모자라 양광은 수도 장안 대신 낙양에 동경(東京)을 쌓게 하여 백성들의 노고를 더욱 크게 만들었습니다. 대운하는 이후 남쪽의 장강과 북쪽의 황하를 연결시켜서 남북 융합에 크게 이바지하기도 했습니다. 양제는 대외적으로 강경한 입장을 취했습니다. 북방에서 중국을 넘보는 돌궐과 토욕혼을 공략하는 데 성공하여 영토는 넓어졌습니다. 그러나 양제는 이것으로도 만족하지 못했고, 고구려에 사신을 보내 조공을 요구했으나 고구려의 영양왕은 이러한 요구를 부당하다 생각하고 거절하였습니다. 그 후 수차례 사신을 보내 조공과 입조하라고 압력을 넣었지만 고구려는 이에 전혀 응하지 않았습니다. 이에 양제는 아버지 문제가 축적한 모든 부를 탕진해서 고구려를 공격하고자 했습니다. 양제는 총3번에 걸쳐 고구려를 공격하였습니다. 612년 정월 수 양제는 113만 3800명을 이끌고 대대적인 고구려 공격에 나섰습니다. 출발만 해도 40일이 걸렸으며 그 행렬이 자그마치 1천여리(400km)가 되었습니다. 좌장군 우문술의 군사 45만명, 우장군 우중문이 이끄는 군사 45만명의 대규모 출정이었습니다. 그리고 수 양제 자신이 이끄는 군사 수만해도 26만명, 행렬이 200(73km)여리에 달했습니다. 거기다 병참지원까지하면 약 300만명에 달했습니다.

612년 7월 고구려의 막리지(현 총리) 을지문덕이 살수(薩水, 청천강)에서 우문술, 우중문에 30만 5000명을 괴멸시키고 이어 강이식(姜以式), 고건무(高建武, 영류왕)등 고구려 명장들의 맹활약으로 원정은 막을 내리게 되었습니다. 이 전쟁을 통해 고건무는 그 공로를 인정받아 영양왕의 뒤를 이어 영류왕이 되었습니다. 이후 을지문덕의 남은 후손들은 한국의 목천 돈씨(木川 頓氏)가 되었습니다.

이후에도 수 양제는 고구려를 3차, 4차 침입하였으나 수나라 내부의 반란으로 철수하거나 무마되었습니다. 고구려와의 전쟁에 필요 이상의 국력을 몰아넣은 수나라는 617년 당 고조 이연(李淵, 당 고조)등의 반란으로 멸망하였습니다.

고구려-수 전쟁에서 2인자에 해당하는 막리지에 있던 을지문덕과 함께 전쟁을 승리로 이끈 일등공신 영류왕은 강경노선이었던 영양왕에 뒤를 이어 즉위한 후 줄곧 친당나라 노선을 유지해왔습니다. 왕을 중심으로 국내성과 온건파들이 득세하여 여론을 좌지우지하였습니다. 영류왕은 당나라와 고구려-수 전쟁 당시 잡혀갔던 양국의 포로들을 교환하고 도교를 수입하는 등 다방면에서 서로 교류하였습니다. 624년에는 당나라로부터 상주국 요동군공 고구려왕(上柱國遼東郡公高句麗王)에 책봉되기도하여 평양성내의 강경파들의 반감을 샀습니다. 626년 황태자 이건성을 죽이고 당 고조를 압박해 선위로써 찬탈한 당 태종 이세민이 제위에 오르자 영류왕은 발맞춰 사신을 보내 교류하였습니다. 백제와 신라가 당에 고구려가 당나라로 가는 길을 막는다고 호소하자, 당은 고구려에 백제와 신라와 화친하라고 종용했습니다. 영류왕은 당 태종이 한 요구를 수용해 백제와 신라와 화친했습니다. 641년 당 태종은 왕태자의 예방에 답하고자 직방낭중 진대덕을 고구려에 보내겠다는 서신을 보낸 문제로 강경파와 온건파는 재대립하였습니다. 당의 직방낭중 진대덕은 고구려에 들어와 요수에서 평양성(요양시)까지 고구려의 지리를 자세히 관찰하고 각 성에 배치된 군사력까지 면밀하게 조사하는 등 간첩으로서 활동하였습니다. 사신 진대덕은 고구려에 머물며 수나라와의 전쟁에서 고구려가 이긴 사건을 기념하는 승전탑을 허물고, 전사자의 유골을 모아 장례를 치러서 고구려의 민족감정을 자극하고, 고구려군에 잡힌 수나라 군사들을 만나며 고구려의 실정을 면밀히 조사하였습니다. 영류왕은 이에 항의하거나 추방을 하지 않고 진대덕에 대한 강경파들의 불만을 무시했습니다. 당에 귀국한 진대덕은 곧바로 당 태종에게 고구려를 공격하라고 간언했습니다. 고구려는 수나라를 뒤이은 당나라와도 대치하였습니다. 고구려는 당의 공격에 대비하여 천리장성을 쌓았는데, 연개소문은 이 공사를 감독하면서 세력을 키웠습니다. 이에 위협을 느낀 중앙 귀족이 연개소문을 제거하려 하자 연개소문은 642년 10월 평양성(고구려)에서 막리지의 난을 일으켜 영류왕을 비롯한 귀족을 모두 살해하고, 보장왕을 왕으로 세운 뒤 2인자였던 막리지보다 더 높은 사실상의 1인자 대막리지라는 직위를 신설하고 그 자리에 올라 정권을 찬탈해 이후 642년부터 668년까지 26년간 연남생, 연남건 등이 대대로 권력을 세습하는 연씨정권을 수립했습니다. 642년 안시성주(양만춘)이 반기를 들자 연개소문이 군대를 보내 공격하였습니다.

이후 연개소문은 대외 강경책을 펼쳐 648년 신라와 당나라가 연합하는 빌미를 제공하였습니다. 644년 11월, 당 태종은 옛 한군현을 되찾고 난신적자 연개소문을 치겠다며 수륙 양면으로 약 50만 명에 달하는 대규모 원정군을 편성해 공격을 시작했습니다. 이때 당군은 각종 공성용(攻城用) 기구를 총동원했습니다. 당 태종은 다음해 2월에 낙양(洛陽)을 출발하여 직접 원정길에 올랐습니다. 이세적이 이끄는 선발대와 당 태종이 직접 지휘하는 친정군, 그리고 장량이 지휘하는 수군으로 크게 3갈래로 침입해 왔으며 요동성을 점령한 뒤 안시성 방면으로 진군하였습니다. 645년 6월 20일 고구려는 고정의, 고연수, 고혜진이 이끄는 15만의 대군을 주필산에 보내 당 태종의 10만 대군과 싸우게 하였습니다. 그러나 당 태종의 전술에 속아 고구려군이 패배하여 3만여 고구려군이 투항하였습니다. 당 태종의 도합 20만 대군은 주필산 전투에서 승리한 후 안시성으로 진군하였습니다. 그러나 안시성 전투에서 안시성주(양만춘)에게 가로막혀 실패하였습니다. 이날 토산 전투, 그리고 그 뒤 펼쳐진 토산 쟁탈전에서 당군 수만 명이 목숨을 잃었고 고구려의 피해도 만만치 않았습니다. 또 3일간의 토산 쟁탈전 이전의 석달간 공방전에서 당군은 하루 2~3천 명의 피해를 입었다고 전해집니다. 하루 피해인원을 평균 2500명이라 쳐도 무려 20만이 넘는 사상자를 낸 것이었습니다. 고구려측도 안시성 군사 중 요서전에 따라갈 수 있을만한 인원이 3만이 채 안되었다고 합니다. 전투는 그만큼 치열했는데, 당 태종이 안시성주 양만춘의 화살에 맞아 한쪽 눈을 잃었다는 야설도 있습니다. 당의 공격을 막아낸 안시성의 성주에 대하여 역사서에는 어떠한 자료도 없이 그냥 "안시성의 성주"로만 기록되고 있었습니다. 특히 삼국사기의 저자 김부식은 안시성주에 대해 크게 칭송하면서 이름이 남아있지 않은 것을 한탄하였습니다. 그러나 조선 시대 송준길(宋浚吉)의 동춘당선생별집과 박지원의 열하일기에는 안시성 성주의 이름을 "양만춘(梁萬春)" 혹은 "양만춘(楊萬春)"이라고 밝히고 있습니다.

이후에는 당나라가 소모전으로 지속적으로 고구려를 공격해 왔으나 그 때마다 격퇴하였습니다. 하지만 동맹국인 백제가 신라·당 연합군에게 패하였고 고구려는 국제적으로 고립되었습니다. 백제를 멸망시킨 그 이듬해인 661년(보장왕 20년)에 당나라는 고구려를 공격하였고 평양성이 포위되는 위기를 처했으나 당나라군을 패망시키고 고구려는 승리하였습니다. 고구려의 국력은 쇠퇴해 가고 있었고 무천진 선비족이 한족들을 예속시켜 세운 당나라는 국력이 세지고 있었습니다. 60여 년에 걸친 수·당과의 전쟁으로 백성의 생활은 파탄에 직면했고, 국가 재정은 파탄하였습니다. 그 위에 동맹국인 백제의 멸망과 고구려 지배층의 내분은 더욱 그 국력을 약화시키고 있었습니다. 664년에서 666년 사이, 보장왕 23년 ~ 25년 연개소문이 죽고 맏아들 연남생이 부친을 대신하여 막리지가 되었습니다. 연남생은 아버지의 대를 이어 대권을 장악한 뒤, 지방의 여러 성을 순시하였습니다. 이 틈을 타 동생 2남 연남산·3남 연남건이 정변을 일으켜 수도를 장악하였습니다. 이후 형 연남생의 아들 연헌충을 죽이고 왕명을 빌려 소환하자, 연남생은 국내성으로 달아났습니다. 그 곳 세력을 규합해 고구려 중앙정부에 대한 반격에 나섰습니다. 먼저 오골성(烏骨城)을 치는 한편 당나라에 대형(大兄) 불덕(弗德)을 보내 구원을 요청하려 하였으나 요동을 통과하지 못하였습니다. 고구려 중앙정부의 압력이 가해지자, 연남생은 남으로 내려가 고구려 수도 평양을 치는 대신 서북 요동방면으로 진로를 바꾸었습니다. 연남생은 또다시 대형 염유(冉有)를 다시 당나라에 보내 구원을 청하였으나 회답이 없자, 이번에는 아들 연헌성(淵獻誠)을 당나라에 보내어 거듭 구원을 청하였습니다. 666년 6월, 마침내 당 고종이 좌효위 대장군 계필하력(契苾何力)으로 하여금 군사를 거느리고 나가 연남생을 맞이하게 하였습니다. 연남생은 이에 고질, 고현, 책성도독 이타인, 고족유 등 국내성의 귀족들 및 부하들을 데리고 탈출하여 당 나라로 도주하였습니다. 666년 6월 7일, 우효위대장군 계필하력을 요동도안무대사로 임명하여 병사를 이끌고 연남생을 지원합니다. 연헌성을 우무위장군으로 임명하여 길안내를 맡게 합니다. 한편 고구려에서는 666년 8월, 보장왕이 연남건을 대막리지로 삼아 내외의 군사에 대한 직무를 겸직하도록 하였습니다. 666년 12월, 고구려가 형제간 내부 권력투쟁이 발생하는 동안 연개소문의 동생이자, 연남생·연남건 형제의 숙부인 고구려의 대신 연정토가 고구려 남쪽의 12성, 763호, 3,543명을 데리고 신라에 투항해 버렸습니다. 북쪽에서는 연남생이 당에게, 남쪽에서는 연정토가 신라에게 각각 투항하여 고구려 심각한 내부 분열로 위기를 맞게 됩니다. 연남산과 보장왕은 끝내 항복해 결국 668년 고구려는 나·당 연합군에게 멸망하였습니다. 그 후 고구려인들은 당나라 내륙으로 이동되었고 당나라는 안동도호부를 설치해 중앙에서 고구려 영토를 통치했습니다.

668년 고구려가 멸망한 뒤 고구려 왕족 안승과 검모잠 등이 고구려 부흥운동을 일으켰습니다. 그러나 얼마 가지 않아 내분이 일어나 안승이 검모잠을 죽이고 고구려 백성 4천호(추산 2만명)와 함께 신라에 귀순하는 사태가 벌어졌습니다. 신라의 문무왕은 안승과 고구려 유민들을 금마저(전라북도 익산)으로 옮겨 살게 하고 안승을 보덕왕(報德王)에 봉했습니다. 보덕국은 신라의 번속국(藩屬國)으로 있으면서 고구려와 동일한 5부와 관등 체계를 갖추고 나당 전쟁에 참전하거나 일본과는 견고려사(遣高麗使)라는 이름으로 사신을 주고받는 등 대내외적으로 활발한 활동을 벌였습니다. 그러나 683년 신라 신문왕이 안승을 수도 경주로 불러 소판(蘇判) 관등과 김씨성을 부여하고 집과 토지를 주며 수도에 거주하게 하자 이에 불만을 품은 보덕국의 장수 대문(大文)이 금마저에서 난을 일으켰지만 신라에 진압되어 흡수되었습니다. 보덕국 멸망 후 고구려 귀족과 유민들은 신라의 9주5소경 중 하나인 남원경(전라북도 남원)으로 이전되었습니다. 이 과정에서 고구려의 현악기인 거문고가 전래되었습니다. 한편 8세기 말~9세기 초에는 요동 지역에서 고구려 유민들이 세운 것으로 추정되는 나라(소고구려)가 등장하기도 했지만 고려국에서 사신을 보냈다.같은 단편적인 기록 외에는 관련 기록이 없어서 국가 성립 과정과 배경, 멸망 시기 등은 알 수 없습니다. 고구려 부흥 운동은 실패로 끝났으나 698년에 성립된 발해와 918년에 성립된 고려는 고구려를 계승한 국가입니다.

한편 1,799명의 또 다른 고구려인들은 일본으로 망명했습니다. 다이호 3년(703년)에 일본 조정은 고구려의 왕족이자 보장왕의 아들로 추정되는 고약광(고마노 잣코)에게 고마노고키시(高麗王)라는 성(씨성제)을 주었습니다. 덴표쇼호(天平勝寶) 2년(750년)에는 고구려 광개토왕 5대 손 배내복덕의 후예 다카쿠라노 후쿠노부 등의 일족에게 고마노아손(高麗朝臣)의 가바네를 내렸는데, 아손이라는 가바네를 도래인에게 내리는 것은 당시 일본에서는 이례적인 것이었습니다. 그 뒤 후쿠노부는 다시 성을 다카쿠라(高倉)로 고쳤습니다. 또한 약광의 자손은 대대로 고마 신사의 궁사(宮司)를 맡아 오늘날까지 이어져 현대의 고마씨(高麗氏)가 되었습니다. 한편 고약광을 기리기 위해 세워진 고마 신사(高麗神社)는 "출세하고 싶으면 고마 신사에 가서 빌라"는 속설이 있을 정도로 일본에서는 명소입니다. 하마구치 오사치, 와카쓰키 레이지로, 사이토 마코토, 고이소 구니아키, 시데하라 기주로, 하토야마 이치로가 참배한 뒤에 일본의 내각총리대신 총리 에 임명되었기에, 출세명신(出世明神)이라 하며 숭상하고 있습니다. 1990년대에는 "큰 사건이 있을 땐 고마 신사에 가서 빌어야 수사가 잘 풀린다"는 얘기가 퍼져, 도쿄지검·도쿄고검 검사들이 줄줄이 참배하기도 했습니다. 연간 40만명의 참배객이 거쳐갈 정도이며, 그중에서도 많은 유명인사와 연예인들이 자주 참배하는 곳이기도 합니다.